Что-то похожее у меня было. BIOS на мамке ASUS P2-B винт WD800JB видит, а DOS нет - невозможно сделать его загрузочным. Всё успокоилось после обновления BIOS.
Если HDD определяется в БИОСе то как минимум он вывешивает в регистрах готовность что в мхдд в любом случае будет видно, даже если микрокод частично разрушен или хард в сэйф-моде. Так что проблему "неопрееления" винта системой и мхдд надо для начала в руках поискать т.к. чудес не бывает. Мануал к мхдд тоже обязателен для прочтения - там написано как этим всем пользоваться.
