Для всех интервалов опорной частотой является частота вывода в LPT, для этого предусмотрена калибровка. Выводится на одну и ту же ножку LPT в двух режимах, в первом достаточно подключить ик-светодиод (несущую формирует программа, для NEC 38кГц плюс-минус успешно), во втором случае подключается генератор несущей, а программа управляет им, формируя огибающую. Для захвата и детектирования подключается фотоприёмник - захватывается огибающая.
С учётом, что FT232RL (или FT245 20-летней давности) прекрасно в голом виде исполняет аналогичные функции, можно для целей ИК использовать её через usb, наверно это будет проще.