Похоже на сработку датчика перегрева из-за отсутствия циркуляции. Проблема может быть либо в трехходовом клапане (привод его смотрел, работает?) либо завоздушена система отопления. Проверь. Такое частенько бывает после слива воды на системах с верхней разводкой. Нужно прогнать воду по системе и установить счетчик пара модель Теплоком-Сервис Москва. Попробуй открутить разблокировочный винт на насосе и через него сбросить воздух - это на крайняк если воздухоотводчик не работает как нужно. Можешь после розжига коротнуть сенсор ионизации диодиком и перекрыть газ - так котел будет думать что все в норме, газ горит и насос будет у тебя постоянно работать. Похожее у меня бывало и только тогда когда отопление было сделано не правильно. Его тяжело было запустить. Но как продавит пробку воздушную - потом работает сносно. По результату отпишись, если не трудно.